在科研领域方面，当前霹雳军形成了以科学院和工程院为龙头，以各学院教师和工矿企业技术为主体的研发体系。科学院和工程院系研究院拆分而成，其中科学院侧重于基础理论研究，只有百余名研究人员，主要是数学、物理及化学等方面人才。研究方向是欧阳轩编写的《未来科学技术概况》。在这本书中，欧阳轩将现代社会的种种科技成就进行了描述，并力所能及的阐述了原理。之所以是力所能及，是因为欧阳轩对许多科技如无线电报、飞机、内燃机的原理也是一知半解。在正确的方向和研究思路下，这些研究肯定会获得成功，但何时成功却充满了不确定性。
工程院侧重于应用研究，故人数达到二千余人，分为材料、能源、机械、化工、军事、医学、农学等诸个分院。他们研究的参考资料，也是欧阳轩主导编写的《研究方向指南》。主要是学院教师、工矿技术人员配合，解决生产中遇到的问题。比如，青霉素在实验室研究出来后，进行了试生产，用于救治伤口感染士兵效果极好。只不过其生产成本实在太高，价格是黄金的十倍以上，其存贮运输也存在相当大的问题。工程院接到的任务便是优化生产工艺流程，将价格压到可接受的程度，并方便贮藏和长途运输。
为防止泄密，科学院和工程院除了在流求外，其余各省不再设立分院。当然这不代表各省就无所作为，他们的职责主要是在推广这些新技术，并推荐有技术专长的人员进入研究院。欧阳轩给科学院和工程院当前的任务，是研究热气球和马克沁机枪，这两种武器装备的技术原理和制造技术并不复杂。前者可以凭借高空优势获得战场排兵布阵的先机，而后者则是骑兵的克星，对付软目标比火炮的作用更大。对科学院和工程院在流求分院，欧阳轩给他们的任务是研制铁壳船和船用蒸汽机，这涉及到一系列复杂技术，如螺旋浆轴承、焊接等高精尖技术。
在文化方面，欧阳轩否决了唐顺请儒学大家来巴蜀讲学甚至定居的提议，也不同意高薪聘请著名文人为霹雳军创作书画诗赋的提议。在他看来，文化当然重要，但要的是实用。抗蒙大业未成，霹雳军不需要用文化繁荣来证明治下的盛世，更不需要文人来歌功颂德。不过，他赞成唐顺加大力度，继续大规模引进读书人的意见。人口是实力的基础，受过教育的读书人更是宝贵资源。杨辉加入霹雳军不过数年时间，便由临安一介无名小官，成了霹雳军主管科技的副总理，不仅在大宋官场，也在蒙古治下引起一片哗然，引得了大批下级官员和读书人纷纷前来投靠。
面对大批前来投附之人，霹雳军不是照单全收，毕竟投附大潮之下，鱼龙混杂，泥沙俱下。他们先将进行集中的隔离检疫，然后再进行逐一甄别，合格者进行考试。考试并非儒家经史书籍，而是工、农、商、格物、地理等知识，还有动手能力的测试。通过考试者，则根据成绩安排到不同的基层岗位。至于职务的升迁，则要靠做出的实绩和贡献。 </div>
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