海军建设最主要的投入便是建造战舰。当下霹雳军战舰种类多，型号繁杂，结构也不相同，这不仅给战术阵形带来不便，也给维修、保养和补给都带来诸多麻烦。按照总参谋部会同流求都督府制定的《海军发展纲要》，每支舰队应有各型战舰和运输船及辅助船只。战舰分为火炮战船、爆破船、火战船等舰只，运输船则有粮食补给船、淡水补给船、弹药补给船、运兵船、运马船。辅助船只则有侦察船、工程船、医疗船、通讯船、维修船....
火炮战船是舰队的核心战力。流求的造船厂在充分吸取大食、波斯和天竺战船优点的基础之下，研制出了大中小三种新型主力战舰，分别命名为崇庆府级、邛州级、大邑级的火炮战舰。崇庆府级战舰排水量八百吨，装备火炮六十门，配备水兵四百人；邛州级排水量六百吨，装备火炮四十门，配备水兵三百人；大邑级排水量四百吨装备火炮二十门，配备水兵二百人。按照《纲要》的造舰计划，每支舰队将装备五艘崇庆府级、二十艘邛州级和四十艘大邑级火炮战船。除了这六十五艘主力战舰外，舰队还将配套运输船和辅助船只。
水兵素质决定着舰队的战力。霹雳军光复巴蜀之后，水军的作用便大幅度下降。沿海制置司侵犯流求失败之后，临安朝廷被迫对霹雳军开放了长江航道。为了节省军费开支，也是为了临安表明无顺水而下之意，霹雳军将巴蜀的四个水军团裁撤了三个，仅保留了战力最强的原第三师水军团。裁撤的上千艘船只在拆除火炮后，转为民用。四千五百名水兵除少数老弱外留在巴蜀之后，其余尽皆乘坐商船，分批前往流求，加入了海军序列。这些久经战阵的水手虽然没有大海航行的经验，但水上经验十分丰富。在流求的航海学校经过学习，再到海上经过数月的适应训练之后，便能成精锐海军水兵。
“兵马未动，粮草先行”，后勤补给影响着海军的投送能力和战力。虽然霹雳军舰队现在有大量的运输船和补给船，战时也能征调商船随同出征，但却不足以支撑远洋作战。一支舰队足有一万五千人，每日仅需要食水便是个巨大数字，如果发生激烈战事，弹药也会很快耗光。在茫茫大海上长时间行驶，遇到风暴折损船只是常有之事，水手也会因疲劳而患病或发生疫病。虽然舰队配有医疗船和维修船，但限于条件这些都是临时应急之举。如果要对船只进行大修和让水手彻底康复，还得到条件更好的陆上。
为了解决这个问题，《纲要》提出了军港和海军补给站建设计划。除了济洲、流求、琼州、交趾、星岛、锡兰等核心岛屿的港口建设以外，霹雳军将重点建设前往野牛大陆、地峡省、羊驼大陆、袋鼠大陆及前往天竺、波斯、大食的据点。这些据点将是军民两用，标准配置为港口、仓库、货栈及保护这些设施的堡垒、瞭望塔等防御设施。 </div>
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