到了这里，圣驾驻跸，皇帝在高务实、徐弘基的搀扶下下了车来，与陪驾众臣按照次序鱼贯而入。相应的一些繁琐礼仪，此处按下不表。
等君臣就位，仪式正式开始。礼部尚书于慎行再次充当司仪，高声宣读祭礼流程。他虽然年迈，但因为皇陵修建之时就考虑到了收音问题，此刻却也显得声音洪亮，一句句话都回荡在广场上空。
首先是奏乐献舞，各类相应曲目声震四野，响彻云霄。乐师们演奏得铿锵有力，展现了大明朝的繁荣昌盛。
随后，朱翊钧在高务实与徐弘基的引导下，缓缓走向祭台。他手持祭文，面向太祖陵寝，心中默念着……大概是对太祖的敬仰与感激之类的话。当他正式宣读祭文时，全场静默，只听得见他的声音在广场上空回荡。
「朕以凉薄，得承大统，御极以来，夙夜勤谨，唯恐祖宗英明受损，百姓生计维艰。今亲至孝陵，秉虔诚之心，恭祭我大明太祖高皇帝之灵。
太祖皇帝开创肇始，奠万世之基，功高盖世，德被四海。朕承太祖之遗训，御极天下已三十载，夙兴夜寐，矢志不渝，文治武功，皆有所成。」
「朕闻安邦以文，因之开海通商，故万国来朝，物产丰饶；劝课农桑，故百姓安乐，五谷丰登；扶植工商，故百业兴旺，国库充盈；改革驿路，故万道顺畅，信息通达。此皆太祖皇帝之遗泽，亦朕辛勤恭谨之所报也。」
「又闻定国在武，因之收复安南，南疆重归版图；北定蒙古，草原得以安宁；痛击倭寇，海疆再无烽烟；光复西域，胡虏不敢正视；接纳朝鲜，天朝之所威光！此皆太祖盖世武功之所承，亦朕继往开来之所报也。」
「朕知今日功成，皆赖祖宗庇佑，群臣辅佐，百姓拥戴。故于今日清明，率百官拜谒孝陵，缅太祖皇帝之功德，告列祖列宗之英灵，彰大明之国威，励后世之儿孙。
愿朕子孙，勿忘祖宗创业之艰难；愿朕臣工，勿忘读书习武之本念；愿朕百姓，勿忘巍巍华夏之正朔！念兹在兹，殷之切之，其言其心，俱在此中。」
祭文宣读完毕，朱翊钧将祭文放在祭坛上的火盆中焚烧，象征着将他的祭言传递给太祖皇帝的在天之灵。随后，他再次跪拜，全场的文武百官和士兵也跟着跪拜，场面庄严肃穆，令人动容。接着，是献牲、焚香、敬酒等仪式，每一步都严格按照礼制进行，无一不体现出这场拜谒孝陵仪式的重大政治意涵。
与孔庙事件不同，此次拜谒仪式结束后，朱翊钧没有「多生事端」，而是在高务实、徐弘基的陪同下，依礼缓缓离开了孝陵。
作为一位已经被京华系宣传机构大肆宣传为万历中兴的圣君，他当然是知道轻重的。这场仪式不仅仅
是一场对太祖皇帝的祭拜，更是一次对自己的政治宣传。既然如此，他有怎会在此事上横生枝节呢？平稳、顺利的完成，才是他的希求。
随着皇帝的离去，孝陵再次恢复了宁静。然而，这场盛大的拜谒仪式，固定将会被载入史册，成为万历中兴的辉煌见证。
而对于高务实来说，这场仪式的结束，也意味着他将此番南下那摆在明处的差事顺利完成，接下来就该着手处理南京官场的问题了。
从孝陵回到南京城后，高务实没有回春和宫，而是直接去了南京都察院。如今北京六部的堂上官除了少数留守京师之外，大部分都随驾南下到了南京，这就意味着南京的各部衙还得空出一些办公场地出来。
可别觉得这是一件微不足道的小事，这里头的门道大着呢。
首先第一个问题就是，原先的各部衙都是按照一个萝卜一个坑来设计建造的，每个官职对应其签押房，现在北京来了一批堂上官，甚至可能还有部分郎中、主事之类，那么现在要空签押房出来，谁该让谁呢？
比方说，现在礼部尚书于慎行来了南京，南京礼部尚书郑洛就得把自己的签押房让出来给于慎行用。但是这里其实很有一些问题，比如郑洛是嘉靖三十五年进士，资历极老，而于慎行是隆庆二年进士，虽然在此时的朝廷中资历已经挺老了，但还是远比不过郑洛。
根据大明朝的习惯，同朝为官，资历是很重要的，尤其是在排座次之类事情的时候，是一条很重要的考虑项。但于慎行和郑洛谁让谁这个问题又不只是资历问题，还在于两人的身份。
郑洛算是实学派的人，但当年就不算高拱的嫡系，甚至也不是郭朴、张四维的嫡系，一直都算是实学派中比较边缘化的人物，可同时他自己官职不低，曾经在高务实平定西北之乱后负责拓边青海，也就是追剿蒙古叛乱余部的势力，是做过经略的。