既然要在南京设置重臣，那么大明在当时便先设了南京守备、协同守备、守备太监和参赞机务四个官职，组成一个领导机构叫「南京守备厅会议」，以管理南京以及南直隶的相关事务。
永乐十九年迁都北京后，命中军都督府掌事官守备南京，当时的官名为「节制南京诸卫所」。
仁宗即位后，以襄城伯李隆镇守南京；宣德时期，改「镇守」为「守备」，并规定南京守备例由公、侯、伯等勋贵担任，同时南京守备还要兼领中军都督府。
对于南京守备的职能，是有具体记载的：「凡南京守备一应机务，每日会同参赞官于守备厅署理。每月朔望日，守备、参赞等官及各府堂官会同内守备，议合行事务。」
从这里不难看出，「南京守备厅会议」便是最高的权力机构，故而后来《明史》中才有了「南京以(内、外)守备及参赞机务为要职」的说法。
具体而言，参赞机务的设置是晚于守备的，最早应该是在正统初年才有。根据记载，宣德十年：「英宗即位，命少保、南京户部尚书黄福参赞机务。」
明中期时，朝廷认为南京高层的权力还是过于集中，便于景泰三年增设协同守备一人，也以公、侯、伯等勋贵担任。按例，协同守备也会兼领五府事。
成化时期，朝廷下旨令南京兵部尚书兼任参赞机务一职，此后形成定制[注：这里注意一下，之前黄福是以南京户部尚书参赞机务，而从这里开始，就明确由南京兵部尚书来兼任了]。如此一来，南京兵部尚书的地位得以提高，位列南京六部之首。
众所周知的例子是，在原历史上明朝灭亡前后，南京兵部尚书史可法被推举为南京首脑人物，原因无他，正是因为史可法兼着参赞机务的要职。
明代皇帝对文官的态度比较奇怪，依赖的同时又用各种手段限制，信任的同时又非得找人制衡，这也正是宦官得以干预朝政的原因。
在对待南京官制方面自然也是如此，南京作为留都，又是国家财赋的重点区域，皇帝当然也不放心把南京交给勋贵掌管，何况这南京的勋贵都是开国系勋贵，在信任程度上来说本就比不过靖难系勋贵。而正如前面所言，皇帝对于南京六部的文官，也同样是心存制衡之念。
于是在设南京守备不久之后，即仁宗即位之初，便派出内廷太监守备南京——郑和便是第一任南京守备太监，此后又增设副守备太监一人。实际上晚明时期因为太监势大，副守备太监最多的时候甚至达到六七人。
最后回到前面的问题，参赞机务与南京守备勋臣、南京守备太监谁才是南京真正的一把手？参赞机务的「参赞」首先就排除了南京兵部尚书，毕竟「参赞」本来就是「参与赞画」之一，是个「协助」性质的职务。
这样一来就剩下内、外守备。表面来看，南京守备勋臣与南京守备太监是一个级别的职务，两者因为分了内外，也就互不统属。但之前说过，守备太监是司礼监的外差，其本人是在司礼监挂职的，有了这层显而易见的亲疏之别，南京守备勋臣的实际地位就大打折扣了。
还是那句话：权力结构是个同心圆，离核心越近的圈层，权力地位就越高。所以，为什么下级一把手往往还要对上级领导的秘
书客客气气甚至恭恭敬敬？因为秘书离领导更近。
内阁本来只是个皇帝的顾问机构，为何现在反而成了领导六部的「相府」？因为内阁离皇帝更近。
在这样的情况下，明中期以后，每次举行「南京守备厅会议」时，守备太监往往列在第一位，这也证明守备太监的地位高于南京守备。
而南京兵部尚书参赞机务则很有意思，在官员上疏论事要提及南京三大重臣之时，其往往名列第一，但在实际参加「南京守备厅会议」之时，他却多半排名最后。
至于要说实权，那就要分太多种情况，很难说得清楚了。不过假设只说寻常时刻，那么大致上是这样一个状况：