从死海发现的朗基努斯之枪也被带到了南极基地，然后……他们开始对“亚当”进行了调查，并着手和“亚当”的接触实验。
而这次接触实验，造成的就是第二次冲击事件。
这个时候，随行的碇源堂和后面说到的基尔议长却是率先一步带着这次的实验数据回到了NERV总部。
显然他们知道会接下来发生什么事情。
葛博士的团队果然在接下来的和“亚当”的接触实验当中，引发了名为第二次冲击的惨案。
他们尝试用朗基努斯之枪封印住“亚当”，但是失败了。
第二次冲击的惨案发生，南极大陆化为空洞，幸运生还的年幼美里也出现在了画面之中。
她生还后还患上了失语症，很长时间才从中走出来
从此南极大陆变成控工，海平面上升数十米，就连地球的自转轴也出现偏离，灾害不断。
地球发生剧变，然而在其描述中，被高层们掩盖了下来，将其描述为一场陨石撞击的天灾，而非**。
而在Seele组织高层中，死海文书的内容再次得到了验证。
接着在他们的授意下，E计划启动，即复兴亚当计划。
然后他们又在死海文书内容的提示下，他们在如今新魔都市的地方发现了另外一个巨大地洞。
而Gehirn研究所就在这里建立了起来。
在这之后，E计划的进程加快，他们建造出了EVA初号机的头颅和脊髓。
冬月博士便因此被碇源堂所蛊惑，加入到了制作EVA机体的项目之中。
而就在E计划进行中，名为慕赤子的女人出现，她是超级计算机科学家，而她就是律子的母亲。
她被碇源堂重用，着力研发出了后面成为NERV总部独立系统的MAGI计算机系统。
然后……
初号机也开始着手建造，但就在这个时候，碇唯带到了此时还只是小孩子的碇真嗣来到初号机的研发基地。
然后……她就这样失踪了。
剧集里没说为什么，总之她就意外失踪了，给碇真嗣造成很大心理阴影。
他直接就此离开了新魔都市。
但碇源堂的脚步却未就此停止，零号机和初号机的研发还在继续，他还提出了一个全新的计划。
虽然他没有明说计划是什么，但是大家很清楚……
这大概就是那个被反复提及的“人类补完计划”。
接着，年幼时期的绫波丽就这样水灵灵地突然出现在了碇源堂身边。
只不过这个绫波丽……看着没有后面三无少女的那种安静恬美的模样，相反嘴角始终挂着一丝笑意。
正当大家以为是不是绫波丽也是后面发生了什么事，才变成之后碇真嗣认识的那个模样时……
赤子却是看着此时的绫波丽感觉很是熟悉……
她觉得很像碇唯。
于是，结论也很容易得出来了……
“原来绫波丽一直都是克隆人吗？碇唯的克隆人？”
柯心洁等观众们顿时猜了出来。
然而对于周文伟这种坚定的碇绫党来说，天都要塌了。
绫波丽是碇唯的克隆人，那岂不是说绫波丽是碇真嗣的母亲？
这是什么诡异的设定啊？
有情人终成母子？！
总之，如日中天的碇绫党一下子陷入绝境当中。
而碇明党则是狂喜，没想到仅凭官方的出手，就打倒了生死大敌碇绫党。
不过……世子之争向来如此！
动画里的党争派系也是，都是你死我活的境地。
而且这也和他们没关系，他们算是纯躺赢了。
刚刚完成学业的律子入职了NERV总部，正打算去找母亲赤子的时候……
却是发现了二人不为人知的关系。
其实按理来说吧，碇唯失踪了，生死不知的情况下。
碇源堂这和赤子也算是正常发展男女关系。
没有什么过错。
只是后面发生的事情……
绫波丽找到了赤子，赤子一开始还很和善地询问她是不是被碇源堂忘记了。
然而这个时候的绫波丽却是对着赤子，突然嘴臭连击——
“不用你管，老太婆。”
“别管我，老太婆。”
女人对于年龄是异常敏感的，然而绫波丽也只是个小女孩。