到了这个时候，登莱军终于开始出城剿匪。
登莱总兵穆济伦率领新组建的登莱骑营，合计一千人，充作先锋，在野外主动寻求战机。
方昆、方靖二人则率领燧发枪大队一半兵力，紧急前往城外的蓬莱兵工厂救援，并与前来进攻的孔瑞图、李久成等人发生遭遇战。
孔瑞图、李久成等人久攻不下，又遭到里外夹击，损失惨重。
到了这个时候，东江军诸多士卒，才从狂热之中清醒了过来。
是啊，连清军主力都打不过登莱军，东江军又何德何能，敢在登莱军的眼皮子底下发动叛乱？
想到这里，本着死道友不死贫道的原则，东江军参将尚云吉，第一个向登州知府张安世投降。
“你们这是搞笑吧？东江叛军昨晚偷袭登州府城，被登州守备营挡住，没有能够成功拿下来，现在转头就要向我投降了？”张安世莫名其妙道，他还想博取一份剿灭叛匪的功劳呢。
尚云吉的那名亲信却陪笑道，“东江军叛乱，原本是孔瑞图和李久成二人捣鬼，耿云台又在一旁鼓噪，他们三个人都说要造反，尚参将如果不表示跟随，岂不是当场就要被人家给斩了？尚参将也是迫于无奈，才勉强应允了此事，不过是虚与委蛇而已。比方说，昨晚突袭登州府城，兄弟们便有些敷衍塞责，没有用尽全力，张大人想必也有所了解？”
张安世笑道，“你们昨晚确实留了一手，但就算倾尽全力，也未必能将登州府城攻打下来。我实话告诉你们，早在你们起事前，松江伯便给登莱二州诸位知府、县尊传来口信，让我们在东江军过境时，注意城池防守。像登州守备营，便从数百人编制，一下子扩充到了两千人，凡是白天进城的陌生者，都在指定客栈居住。这场仗，你们根本就没有任何胜算。”
“但我们可以在城外烧杀抢掠，打土豪分财产，难道你们就不怕？”尚云吉那位心腹幕僚反问道。
张安世心想，我就怕你们这些人不堪重用，打不下几家土豪，到时候田产充公数量，都不够登莱军士卒分配，抢下来的金银财宝，也不够补充登莱军兵饷。
因此，对于尚云吉这位心腹的威胁，张安世只是淡然一笑。他表示，尚云吉想要投降可以，但只能保证他身边数人的性命，其他人都要打发到宝岛北部的鸡笼港做苦力。
尚云吉听到投降条件这么苛刻，刚开始并不同意，他气急败坏之下，拿城外那些乡宦人家出气，夺得许多金银财宝。
但是不久后，等到他听说，孔瑞图和李久成二人，都先后被擒，他们俩所率领的那数千人马，也被穆济伦名下骑营和方氏兄弟俩所掌管的燧发枪大队，杀了一个片甲不留，最后只有数百人跪地求饶，侥幸留得性命而已。
尚云吉听到这里，都差点吓尿了。他再也不敢和登州知府张安世讨价还价了。反而还将耿云台参将骗了过来，拿他的项上人头，向张安世邀功。
这次东江军发动叛乱，历时仅十余天，就被松江伯给平息了。
孔瑞图和李久成二人，最终也没有获得赦免。周进委托方昆，将这两人押送到北平城中，接受三司会审，被判处当街凌迟。
四大叛将，仅有尚云吉一个人得以幸免，他在登莱军陆营中，捞到了一个游击将军的虚衔，负责看管盔甲，但他也心满意足了。
鉴于这次叛乱，发生在齐鲁行省，蔓延到登莱二州境内，齐鲁巡抚和登莱巡抚，都因此受到了牵连，被内阁痛斥了一番。
周进的这次戡乱之功，也就没有得到奖赏。朝廷对此给出来的说法，是功过相抵，以观后效。
但这对于周进来说，却达到了他的预期目标。阻挡他在登莱二州进行改制的反对力量，终于借由东江军叛军之手，给彻底解决了。
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