关于逻辑病毒的问题，我认为实际上涉及的应该是整个尼尔的世界观。
但是某些内容与未来要写的故事有关联，我就捡一些能写的，写在这里。
纯当番外篇看看就好了。
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首先简单的说一下关于尼尔的表面剧情。
也是为给没看过尼尔的一些书友在此云一下。
2003年12月，怪病爆发，症状为患者全身慢慢白盐化，致死率100%。
2004年4月，感染者也出现了性格凶暴，主动袭击他人的情况，该症状被命名为白盐症。
同年10月，为抵抗病症，日本政府建立了高墙隔离发病区域（涉及到上一篇的《RPG制作大师》，在此不多衍生了，省的太乱）。
中间为《尼尔·人工生命》的剧情，与本文关系不大。
4200年，人类彻底灭亡，人造人将人类的资料及数据传输至月球。
5012年，外星人入侵地球，派出机械生命体入侵地球。
埃米尔抗击外星人。
11600年，机械生命体开始脱离外星人控制，外星人灭亡。
11940年，人造人为提高战意，掩盖自己已失去的被制作出唯一目的——守护人类，便开启了利用机械生命体为核心制作新一代人造人的尤尔哈计划：制造尤尔哈部队，并以月球的服务器伪造出人类仍在活着的假象，当尤尔哈部队收集到了足够人造人使用的数据后，便放出信息让机械生命体直接摧毁基地，掩盖计划。
11942年（李诺与茶白相见年份），具备极高智能的9S型尤尔哈人造人制作完成并投入实战，但由于担忧其过高的智能读取到尤尔哈计划的真貌，设置E型人造人2E伪装成2B进行全程监控，若发现有异常现象直接进行斩杀并清除记忆处理（尼尔篇没登场的9S因为接触到《最终幻想》中的人类打开了该型号人造人特殊的探索欲，被当时的茶白也就是2E斩杀）。
11945年，游戏本篇开始，2B再次被派往地球执行任务，并与9S同行。
同时，email通知基地的数据库已经饱满，暗示毁灭尤尔哈掩盖真相的计划即将执行。
机械生命体的【逻辑病毒】因基地的手动泄露而开始传染扩散，2B在地球上最终也被病毒传染，最后死于A2手中。
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【逻辑病毒】为机械生命体所带。
通过官方小说补充来看，可以看做是一种网络病毒，其凶险程度媲美多年前的“熊猫烧香”。