组建和训练霹雳军的事宜，欧阳轩指定由曹二狗负责。新成军的霹雳军规模为300人，除了之前琉璃坝教导队的200人外，还以培训军事技能骨干为名，从各寨抽调了100人。按照欧阳轩的思路，为充分发挥火器的作用，霹雳军编组不再沿袭冷兵器军队的建制，故并未按“火、队、营”等编制设置，而是按现代军队“班、排、连”设置，实行“三三制”。最小的作战单位为班，每班10人，3班为1排，3排加上10人的连部，每连100人。全军共编为三个连，由欧阳轩任指挥官，曹二狗任副指挥官。第一连由曹二狗兼任连长，第二连由石中树任连长，第三连由参加军训的响水寨寨主俞三担任。其父是响水寨上任寨主，因奋起反抗熊犇匪帮的残酷压榨，全家五口死于匪手，唯有他一人逃脱。在各寨联防会议上，他表现的最坚决也最激进，这次琉璃坝训练各寨军事骨干，俞三更是亲自参加。当然，欧阳轩的这一任命并非仅站在政治角度，而是因为俞三不仅沉稳刚毅更是勇武过人，他曾长期偷袭落单的土匪，死在其手中土匪不下十人，以至于熊犇对其头颅开出了100斤食盐的悬赏。
在冷兵器时代要训练出一个武艺合格的士兵需要一年以上的时间，弓箭手甚至需要几年的时间。而霹雳军根本没有这么多时间，幸好火器的出现改变了军队的训练方式。欧阳轩准备让霹雳军以火器为主要输出方式，并与冷兵器协同的方式得以快速成军。按照新的混编搭配编制，霹雳军的每个连队，有三个班装备折叠巨盾站在最前列及两侧，防敌方弓箭；有三个班装备长3米左右的长矛紧贴于巨盾之后。以后在平原作战长矛将换为长达5米的重型长矛，防止骑兵冲击；另有三个班装备轻型火炮，作为主要的打击力量。
新的编组方式射程远、威力大，操作简单也易培训，短则一月长不过三月训练便可形成战斗力，但对于纪律要求极高，如被敌军特别是骑兵近身后，如果有人顶不住冲击溃逃，则会导致阵线崩溃甚至全军覆灭。故欧阳轩要求霹雳军把纪律作为训练重点，以严苛无情的方式强化士兵的服从意识和执行力。所以欧阳轩并没有选择温和宽厚的黄大根，而是让刚毅坚韧的曹二狗负责训练。饶是霹雳军兵源已属精心挑选的山民，原本已是吃苦耐劳之辈，但曹二狗的魔鬼训练下仍是叫苦不迭，纷纷暗自咒骂。宝剑锋利磨砺出，梅花香自苦寒来，经过一段时日训练，士兵们脸上的散漫神色纷纷褪去，隐隐有铁冷之色，这让欧阳轩见了心中大慰。他相信假以时日，霹雳军必将成为一支拥有铁一般的纪律和泰山压顶而不变色的勇士军队。
随着工矿业生产和军事训练的全面铺开，之前欧阳轩担心的钱粮不足的问题便慢慢显现出来。开矿、伐木、冶炼的劳动力虽然是劳改营的俘虏和各寨劳力入股，并不需要额外支付钱粮，但上述劳动和训练均是高强度活动，对粮和盐的消耗很大，粮食可以用霹雳军的名义向各寨暂时借支，或可以用铁制农具和武器抵扣，但食盐却没法补充。各寨原来可以用高价从万家坪山匪处买到，现在却断了渠道，这让负责后勤的杨秀才整日愁眉苦脸。这食盐是断然不能缺的，短时间缺盐倒可以忍受，但如果长期缺盐，人会疲弱不堪甚至病倒，不仅生产活动大受影响，军队的战斗力也会直线下降。