监狱似乎还有一个医学实验室，驻扎在大监狱的某个地方，有医生和各种医疗设备，可以立即治疗监狱内的任何人，包括囚犯和工作人员。
整个监狱的发电机房以及打开正义之门的控制装置位于海上一楼。
监狱职位分为：署长，副署长，看守长，副看守长，狱卒长，牢番长
署长是整个因佩尔最高长官，看守长专门看管犯人，狱卒长是狱卒兽的指挥官，牢番长是牢番的指挥官。
囚犯关押楼层的分配通常是根据其赏金大小决定的。除了关押囚犯的各种牢房外，每一层都有一种独特的折磨形式，因此每一级都被赋予地狱的称号，每下降一级，囚犯所受的折磨就会加剧。
海上1楼，这层没有关囚犯，进入大门后有个铁栏，而后面是通往犯罪者入狱前“洗礼”及拷问的地方（所谓的洗礼就是把犯人扔到100度的水当中进行杀菌消毒），其他还有办公室、官员或特殊人物进入监狱前检查身上物件的房间等，还有一部大型升降机可以通往地下四楼的监狱署长室。
地下1楼是红莲地狱，这里囚禁的犯人罪行较轻，没有那么严重，被囚禁的犯人均打不过蓝猩猩，牢房外有一大片像森林的地方，树是叶子像刀刃一样锋利的“剑树”，草是像针一样可以刺穿人体的“针针草”，囚犯会因为毒蜘蛛和狱卒的追赶而来回奔跑，最后被这些叶子和草切的鲜血直流，不停的受尽痛苦折磨。
地下2楼是猛兽地狱，里面放置各种不同的凶暴猛兽怪物，有鸡蛇、人面狮、毒蝎子等，老大是斯芬克司，关在此楼层的囚犯知道自己早晚会成为猛兽的粮食，连害怕的力气都没有。
地下3楼是饥饿地狱，由于下层灼热地狱冒上来的热气使得本层奇热无比，再加上绝水绝食的折磨，犯人们都已经是半死不活的状态。
地下4楼是灼热地狱，署长麦哲伦的办公室就在本层，此外还有厨房和粮仓，整层气温非常高，正如一个巨大的铁锅，全是滚沸的血池和火海，三层到四层可以从中间的排气口直接跃入，但是如果落脚点不对就不是烫伤那么简单了。囚犯在入狱前要在此层被灼热来消毒。
地下5楼是极寒地狱，关在此楼层的囚犯身处在比大冰库还低温的环境内，身体严重冻伤直到死亡，极寒地狱的森林里还饲养了大量的“军狼”，比第二层体型巨大的猛兽还要凶暴。值得一提的是，这层由于气温过低因此没有安装任何电话虫。
地下6楼就是无限地狱，也是宇智波总司所在的地方，根据狱卒的说法，这里所关的罪犯为过于凶恶，都是必须从历史中抹消的怪物海贼，在这层的犯人都是近传说级的人物，下场不是死刑就是终身监禁。
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